Magyarországi bioinformatikusok által fejlesztett és karbantartott adatbázisok
ARN, autofágia regulációs hálózati adatbázis
Leírás:
Az ARN adatbázis az autofágia folyamatát és jelátviteli utakkal való kapcsolatát tartalmazza emberben. Az adatbázis a magját alkotó kézzel gyűjtött kapcsolatok mellett más források, illetve predikciók adatait is tartalmazza, melyek több különböző rétegben, több különböző molekuláris szabályozási információ érhető el (autofágia fehérjék kapcsolata, autofágia fehérjék közvetlen szabályozása, poszt-transzkripcionális, poszt-transzlációs, miRNS-ek általi szabályozás). Az adatbázisban lévő adatok két szempont szerint szűrve (forrás, kapcsolat típus), több különböző formátumban (csv, biopax, psimi tab, psimi xml, sbml, cys) letölthetők.
Fejlesztő(k):
Korcsmáros Tamás
Intézet(ek):
ELTE TTK Genetikai Tsz
DT40 Genom: A csirke DT40 burzal limfóma sejtvonal gemonszekvenciája
Leírás:
A dt40 honlapon a csirke dt40 sejt de novo szekvenálási adatai találhatók, amelyek letölthetők, illetve BLAST-tal kereshető.
Fejlesztő(k):
Tusnády Gábor, Molnár János és Szüts Dávid
Intézet(ek):
MTA TTK Enzimológiai Intézet
FixPred: hibásan annotált fehérje szekvenciák javított forrása
Leírás:
A FixPred szerver kijavítja a MisPred által hibásként azonosított szekvenciákat. A FixPred adatbázis Homo sapiens, Mus musculus, Rattus norvegicus, Monodelphis domestica, Gallus gallus, Xenopus tropicalis, Danio rerio, Fugu rubripes, Ciona intestinalis, Branchostoma floridae, Drosophila melanogaster és Caenorhabditis elegans korrigált UniProtKB/Swiss-Prot and NCBI/RefSeq szekvenciáit tartalmazza.
Fejlesztő(k):
Nagy Alinda és Patthy László
Intézet(ek):
MTA TTK Enzimológiai Intézet
HAEdb: A C1 inhibitor gén mutációs adatbázisa
Leírás:
A HAEdb egy lókuszspecifikus mutációs adatbázis a C1 inhibitor fehérjét kódoló gén (SERPING1, C1IN, C1NH) számára. Az adatbázisban betegség okozó mutációk (örökletes angioneurotikus ödémával diagnosztizált betegekben talált), valamint gyakori polimorfizmusok is megtalálhatók. Az adatbázis tartalmi bővítése közösségi szinten történik, az egyes kutatócsoportok az általuk talált genetikai eltéréseket maguk töltik fel.
Fejlesztő(k):
Kalmár Lajos
Intézet(ek):
MTA TTK Enzimológiai Intézet
HTP: Az emberi transzmembrán proteom
Leírás:
A Humán Transzmembrán Proteom adatbázis és web szervíz az α-helikális transzmembrán fehérjék teljes forrása. Tartalmazza a különböző megbízhatósági szintek alapján meghatározott fehérjék topológiai és szerkezeti információit.
Fejlesztő(k):
Dobson László, Reményi István és Tusnády Gábor
Intézet(ek):
MTA TTK Enzimológiai Intézet
MisPred: publikus adatbázisokban hibásan annotált fehérjék forrása
Leírás:
A MisPred szerver hibás (tévesen prediktált, nem teljes vagy rendellenes) szekvenciák azonosítására szolgál. A MisPred adatbázis a UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL, NCBI/RefSeq and EnsEMBL adatbázisokban MisPred eszközökkel azonosított hibás szekvenciákat tartalmazza.
Fejlesztő(k):
Nagy Alinda és Patthy László
Intézet(ek):
MTA TTK Enzimológiai Intézet
PDBTM: A Transzmembrán Fehérjék Szerkezeti Adatbázisa
Leírás:
A PDBTM adatbázis az első és ma is egyedülálló, átfogó és naprakész adatbázisa az eddig meghatározott transzmembrán fehérje térszerkezeteknek, amely tartalmazza a transzmembrán fehérjék becsült membrán-orientiációját is.
Intézet(ek):
MTA TTK Enzimológiai Intézet
Leírás:
A ProtDict egy UniProt-alapú fehérje-szótár, amely összekapcsol több tucat fehérje-elnevezést és katalógus-számot.
Fejlesztő(k):
Dániel Bánky, Rafael Ördög and Gábor Iván
Intézet(ek):
Uratim Kft. & ELTE PIT Bioinformatikai Csoport
SignaLink, jelátviteli adatbázis több szintű regulációs hálózattal
Leírás:
A SignaLink adatbázis manuálisan kurált molekuláris kapcsolati információkat tartalmaz hét nagy jelátviteli útvonalról (RTK, TGF-β, WNT/Wingless, Hedgehog, JAK/STAT, Notch és NHR) 3 eukarióta fajban (Homo sapiens, Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster). Azáltal, hogy a jelátviteli útvonalak egy hálózatban érhetőek el, a köztük lévő kapcsolatok is vizsgálhatóvá válnak. Az adatokra több különböző rétegben különböző molekuláris szabályozó információk érhetőek el (regulációs, poszt-transzkripciós és poszt-transzlációs szabályozás). Az adatbázisban lévő adatok több különböző szempont szerint szűrve (faj, útvonal, forrás, kapcsolat típus), több különböző formátumban (csv, biopax, psimi tab, psimi xml, sbml, cys) letölthetők.
Fejlesztő(k):
Korcsmáros Tamás
Intézet(ek):
ELTE TTK Genetikai Tsz
TOPDB: a Transzmembrán Fehérjék Topológiai Adatbázisa
Leírás:
TOPDB a transzmembrán fehérjékkel kapcsolatos különböző kísérleti módszerrel meghatározott topológia adatokat tartalmazza.
Fejlesztő(k):
Tusnády Gábor, Dobson László és Langó Tamás
Intézet(ek):
MTA TTK Enzimológiai Intézet
TOPDOM: Fehérjékben Konzervatívan elhelyezkedő Doménok és Motívumok
Leírás:
A TOPDOM adatbázis a transzmembrán fehérjékben konzervatív lokalizációjú fehérje doméneket és szekvencia motívumokat tartalmazza.
Fejlesztő(k):
Tusnády Gábor, Varga Julia és Dobson László
Intézet(ek):
MTA TTK Enzimológiai Intézet
TSTMP: emberi transzmembrán fehérjék célpont szelekciója
Leírás:
A TSTMP adatbázis fő célja, hogy segítse az emberi transzmembrán fehérjék szerkezeti genomikai projektekben célpontként való felhasználását. Az adatbázis tartalmazza az összes humán transzmembrán fehérjét, amelynek szerkezete már ismert, vagy modellezhető, vagy csak valamely újonnan meghatározott szerkezet segítségével vállna modellezhetővé. Az adatbázis úgy készült, hogy kigyűjtötték azokat a fehérjéket, amelyek szerkezete már ismert és azokat, amelyek szerkezete megbízható módon modellezhető. Ezután összegyűjtötték azoknak a fehérjéknek, amelyeknek nem ismert és nem modellezhető a szerkezete a humán homológjait, és így meghatározható, hogy melyek azok a transzmembrán fehérjék, amelyek szerkezet meghatározása révén a legtöbb fehérje szerkezete válik modellezhetővé.
Fejlesztő(k):
Tusnády Gábor, Reményi István, Varga Julia és Dobson László
Intézet(ek):
MTA TTK Enzimológiai Intézet
